La barbe de la Joconde est visible sur les quatre côtés de la planche de peuplier sur laquelle elle est peinte. Il s’agit de la crête de matière picturale, révélée sur les bords nus du support de bois lors du retrait du châssis-cadre, qui avait dû être fixé à ce dernier avant que l’artiste ne peigne son œuvre. L’existence-même de la barbe atteste que la composition est intégralement conservée.

En partie préservée des couches successives de vernis posées après la mort de Léonard de Vinci, la barbe présente une teinte des pigments plus proche des tonalités originales.

Des craquelures verticales sont observables dans la couche picturale de la Joconde, particulièrement dans le prolongement de la fente. Ce réseau de lignes sombres atténue la subtilité des passages de l’ombre à la lumière dans le visage de Monna Lisa. Elles sont le produit de la déformation convexe du panneau de peuplier particulièrement fin sur lequel la Joconde est peinte, déformation inhérente aux variations d’humidité et de température que le tableau a subies depuis sa création.

Une lacune est visible au niveau du coude gauche de la Joconde. Elle est la seule partie abimée du tableau, qui est en réalité dans un excellent état de conservation. C’est en 1956 qu’un déséquilibré a lancé une pierre qui a brisé la vitre de protection. Le choc et le bris de verre ont fait sauter la couche picturale et la préparation du tableau.

Le célèbre portrait est désormais présenté en permanence derrière un vitrage blindé.